В рамках ТАНТК им. Г.М. Бериева организована и сертифицирована авиакомпания, эксплуатирующая гидросамолеты в гражданской авиации.
Министерством транспорта РФ выдан Сертификат Эксплуатанта № 487 от 10 апреля 2006 года, согласно которому ОАО "ТАНТК им. Г.М. Бериева" признано соответствующим требованиям законодательства Российской Федерации и положениям Чикагской конвенции о международной гражданской авиации и может осуществлять коммерческие воздушные перевозки и авиационные работы на самолетах-амфибиях Бе-103.
Этому предшествовала работа на комплексе комиссии Южного центра по сертификации эксплуатантов под председательством директора Центра - В.П. Першина. Члены инспекционной комиссии ознакомились с инфраструктурой авиакомпании и выполнили инспекционный полет на самолете-амфибии Бе-103.
В дальнейшие планы авиакомпании входят воздушные перевозки пассажиров, экскурсионные полеты, аэровизуальные авиационные работы на водных акваториях Южного Федерального Округа, а также практическое освоение самолетами-амфибиями Бе-103 других регионов России.
В настоящее время проводиться большая работа по внесению в Сертификат Эксплуатанта и в Реестр гражданских воздушных судов двух принадлежащих ТАНТК им. Г.М. Бериева самолетов-амфибий Бе-200.