Федеральная таможенная служба посредством организации международного таможенного сотрудничества решает целый комплекс задач в области международной деятельности, способствующих развитию внешней торговли и созданию благоприятного инвестиционного климата в Российской Федерации.
Основные усилия по организации таможенного сотрудничества в 2013 году были направлены на участие ФТС России в интеграционных процессах в рамках Евразийского экономического сообщества, включая Таможенный союз, Содружества Независимых Государств (СНГ), Союзного государства и Шанхайской организации сотрудничества (ШОС), развитие двусторонних отношений с таможенными службами государств-участников СНГ и дальнего зарубежья, а также на расширение географии контактов с таможенными службами иностранных государств и международными организациями.
В 2013 году ФТС России заключило 24 международных соглашения в таможенной сфере с 15 странами.
Наиболее интенсивная работа осуществлялась с партнёрами по Таможенному союзу и Единому экономическому пространству – ГТК Республики Беларусь и КТК Минфина Республики Казахстан. Приоритетная задача таможенных служб – углубление интеграции в рамках Таможенного союза и Единого экономического пространства.
В 2013 году при непосредственном участии ФТС России проведено 38 заседаний Коллегии ЕЭК, 10 заседаний Совета ЕЭК и двух заседаний Высшего Евразийского экономического совета на уровне глав правительств и глав государств.
В целях координации взаимодействия таможенных служб создана и функционирует Объединённая коллегия таможенных служб государств – членов Таможенного союза. В 2013 году состоялись 3 заседания этого органа.
В рамках двустороннего сотрудничества на пространстве СНГ наиболее активно и динамично развиваются контакты между таможенными службами России, Киргизии, Украины, Армении, Молдавии, Узбекистана, Абхазии и Южной Осетии. Основное взаимодействие направлено на оказание помощи таможенным службам Киргизии и Армении по вступлению в Таможенный союз и упрощение таможенных процедур.
В ходе встречи Президентов двух стран в Триесте (Италия) 26 ноября 2013 года состоялось подписание протокола об организации обмена информацией о товарах, перемещаемых между Россией и Италией и Меморандума между ФТС России и Финансовой Гвардией Итальянской Республики о взаимопонимании в области таможенного сотрудничества. Реализация Протокола позволит сократить время таможенного оформления товаров при повышении эффективности таможенного контроля, что будет содействовать увеличению товарооборота между Россией и Италией.
В ноябре 2013 года в ходе встречи на Высшем уровне ФТС России и Министерство таможни и торговли Турции подписали меморандум о взаимопонимании, предполагающий дальнейшее развитие сотрудничества в области применения процедуры «Упрощенный таможенный коридор».
В мае 2013 года в Москве под председательством Генерального секретаря ВТО Кунио Микурии состоялся Всемирный кинологический форум, в котором приняли участие 28 делегаций таможенных служб стран-членов ВТО. В рамках форума прошла торжественная церемония открытия Регионального учебного кинологического центра ВТО в Московской области, созданного на базе Центральной таможни (Кинологического центра ФТС России).
23 - 24 октября 2013 года в Москве под девизом «Навстречу Сочи-2014» состоялась XIV Международная выставка «Таможенная служба – 2013». В работе Выставки приняли участие 18 делегаций иностранных таможенных служб, 10 из которых - представители стран дальнего зарубежья. В ходе выставки были проведены переговоры с руководителями таможенных служб Габона, Латвии, Уругвая, Финляндии, Швеции и Эстонии, Абхазии, Южной Осетии и Приднестровской Молдавской Республики.
Новым направлением международной работы ФТС России является расширение партнёрства в рамках БРИКС. Начальными шагами в данном направлении явились встречи руководителей таможенных администраций стран-членов БРИКС, которые состоялись соответственно в марте и ноябре 2013 года в Претории (ЮАР) и в Рио-де-Жанейро (Бразилия).
ФТС России имеет свои представительства (представителей) в 18 странах: Абхазия, Аргентина, Белоруссия, Бельгия, Бразилия, Германия, Индия, Казахстан, Киргизия, Китай, Республика Корея, Латвия, Южная Осетия, Таджикистан, Турция, Украина, Финляндия, Япония.