В целях повышения эффективности расходов федерального бюджета и качества управления государственными финансами Минфин России проводит мониторинг качества финансового менеджмента, осуществляемого главными администраторами средств федерального бюджета.
Федеральная таможенная служба занимает лидирующие позиции в рейтинге главных администраторов средств федерального бюджета, составляемого Минфином России.
По результатам проводимого Минфином России мониторинга качества финансового менеджмента среди органов государственной власти ФТС России в 2011 и 2012 годах занимала первое место, в 2013 году − второе место. По итогам оперативного мониторинга качества финансового менеджмента за первое полугодие 2014 года ФТС России заняла первое место.
Показатели качества финансового менеджмента свидетельствуют о высокой оценке Минфином России совокупности бюджетных процессов и процедур по управлению финансами, осуществляемых ФТС России в рамках бюджетного процесса и обеспечивающих экономность и результативность использования бюджетных средств.